Biblioteka w Mikołajkach czynna była już przed I wojną światową.
W 1913 roku prowadził ją Jan Gembusz, w latach 20-tych Henryka Gwiazda i Franciszka Nowak, zaś w latach 30-tych Filomena Nowak. Działalność czytelnictwa polskiego trwała tutaj przez kilkadziesiąt lat. Sytuacja narodowościowa nie była w Mikołajkach łatwa, gdyż większość mieszkańców przyznawała się do narodowości niemieckiej.
Działalność bibliotekarstwa na terenie Mikołajek Pomorskich po wyzwoleniu, datuje się od 1946 roku. Zalążkiem wówczas Gminnej Biblioteki Publicznej stanowiły książki, będące w posiadaniu mniejszej ludności polskiej. Książki były własnością byłego Towarzystwa Czytelni Ludowych „Powiśle”. Założycielami biblioteki był: kierownik Szkoły Podstawowej w Mikołajkach Pomorskich Pan Jan Jakubek i nauczycielka tejże szkoły Pani Urszula Lampkowska, zarazem była jej pierwszym kierownikiem. Skromny ówczesny stan książek złożono przy świetlicy gromadzkiej. Ksiązki kompletowano w miarę przekazywania ich przez miejscowych Polaków. Ksiązka polska przetrwała w Mikołajkach Pomorskich lata zaboru pruskiego i lata terroru hitlerowskiego. Była zarazem dokumentem polskości, w oczach władz hitlerowskich wystarczającym dowodem, aby każdego jej właściciela, każdego czytelnika uważać za wroga i skazać na surowe kary.
Pierwszy kierownik Gminnej Biblioteki Publicznej Pani Urszula Lampkowska, swą zaszczytną i odpowiedzialną pracę podjęła w wyjątkowej trudnej sytuacji. Nie posiadała żadnego fachowego przygotowania. Młodzież, która uczęszczała do świetlicy, w większości nie umiała czytać po polsku, więc często nawet słabo władała mową ojczystą. Chwytano się różnych sposobów, aby tę właśnie młodzież zachęcić do czytania książki polskiej. Praktykowano głośne czytanie ciekawych fragmentów z książek słynnych autorów. Nie bez znaczenia była zbiorowa dyskusja nad tymi fragmentami. W upowszechnianiu czytelnictwa z pomocą przyszły organizowane kursy repolonizacyjne. Z miesiąca na miesiąc przybywało czytelników. Można więc było ustalić dni i godziny wypożyczania.
W roku 1948 Biblioteka zostaje rejestrowana przy Prezydium Powiatowej Rady Narodowej w Sztumie. Od tego czasu datuje się bardziej konkretna i systematyczna praca. Biblioteka Gminna kształtowała swą pracę pod nadzorem Biblioteki Powiatowej w Sztumie. Sfatygowane, podniszczone ksiązki byłego Towarzystwa Czytelni Ludowych doczekały się wymiany. Pierwszy księgozbiór w liczbie 448 woluminów został Bibliotece przekazany przez Ministerstwo Oświaty w ramach akcji rozbudowy krajowej sieci bibliotecznej z kredytów Planu Inwestycyjnego w roku 1948.
Równocześnie ze zbiorem książek wyposażono Bibliotekę w księgę inwentarzową oraz inny pomocniczy materiał sprawozdawczo-kontrolny. Biblioteka otrzymuje własny lokal w budynku poszkolnym.
W 1949 roku założono pierwsze punkty biblioteczne w okolicznych wsiach: Krasnej Łące, Stążkach i Cieszymowie Wielkim. Na punkty biblioteczne w terenie dowożono ksiązki wozem konnym, a zimą saniami. Ten sam sposób praktykowano przy dostawie książek z Biblioteki Powiatowej w Sztumie.
O ile rok 1948 dla Biblioteki Gminnej był rokiem swego rodzaju stabilizacji w sprawach organizacyjnych, to rok następny 1949 był początkiem masowego upowszechniania książki. Młodzież garnie się masowo do czytania, obok niej starsi wiekiem, dzieci, a nawet staruszkowie. Powstaje młodzieżowy zespół przyjaciół biblioteki. Młodzież chętnie pomaga bibliotekarzowi w jego codziennej pracy.
Organizuje się wystawy książek, odczyty o tematyce aktualnej, imprezy kulturalne. Szczególnie aktywna działalność przejawia się w Dni Książki i Prasy.
W roku 1951 kierownik Biblioteki przechodzi na pełny etat Prezydium Gromadzkiej Rady Narodowej. Rokiem tym zamyka swa pionierską działalność jej pierwszy kierownik.
W roku 1946 czytało zaledwie 37 osób, w 1948 -96 osób, to w roku 1951 czytelników było 176, a z książek na punktach bibliotecznych korzystało 64 osoby. Ten duży przyrost czytelników to zasługa kierowniczki, Urszuli Lampkowskiej. Dobierając staranie książki czytelnikom, propagując umiejętnie pozycje dobre i wartościowe, odwiedzając często punkty biblioteczne, doczekała się ładnych efektów swej pracy, które zauważyć można dopiera po długich miesiącach, a nawet latach cierpliwych i żmudnych zabiegów.
Lata 1951-60 charakteryzuje płynność kadry bibliotekarzy. Jedni przychodzą i odchodzą nie zagrzewając miejsca, zniechęcając się szybko przeciwnościami i trudnościami, nie czekając na pozytywne wyniki pracy, które zauważyć można dopiero po długich miesiącach, a nawet latach cierpliwych i żmudnych zabiegów.
Lata 1960-70 przynoszą dalszy rozwój czytelnictwa i popularyzacji wiedzy zgodnie z zainteresowaniami czytelników. Na koniec roku 1970 księgozbiór biblioteki liczył 8051 woluminów. Czytelników zarejestrowano 693, którzy dokonali 11 606 wypożyczeń.
Od 01 kwietnia 1965 roku biblioteką kierowała Pani Bożena Poćwiardowska, miejscowa malarka . W okresie tym organizowano spotkania autorskie min. z Panią Zofią Wasilewską poetką ludową z Mikołajek Pomorskich,, różne konkursy popularyzujące sztukę regionalną (haft, malarstwo).
Z dniem 1 lipca 1987 Pani Bożena Poćwiardowska odeszła na zasłużoną emeryturę, a na jej miejsce powołano Jadwigę Stępniak, która pracuje do dnia dzisiejszego.
W czasie swojej pracy Pani Jadwiga Stępniak propagowała rozwój czytelnictwa poprzez organizowanie różnych konkursów czytelniczych, wystaw, promowała sztukę regionalną (haft, rzeźbę, malarstwo) organizując spotkania z twórcami nieprofesjonalnymi.
W latach 1996 – 2002 biblioteka funkcjonowała w ramach Gminnego Ośrodka Kultury Sportu i Rekreacji. Nazwa biblioteki nie uległa zmianie.
Z dniem 01 maja 2002 roku Uchwałą Rady Gminy stała się samorządową instytucją kultury. Pełna nazwa biblioteki brzmi: Biblioteka Publiczna Gminy Mikołajki Pomorskie. Siedzibą biblioteki był lokal w budynku przy ulicy Kościuszki 2 w Mikołajkach Pomorskich o powierzchni 38 m2.
Z dniem 22 sierpnia 2006 biblioteka otworzyła dla czytelników siedzibę przy ulicy Szreibera 12 w Mikołajkach Pomorskich. Gimnazjum Publiczne użyczyło bibliotece lokal o powierzchni 144 m2. W ramach projektu współfinansowanego ze środków Unii Europejskiej bibliotekę wyposażono w nowoczesne meble i sprzęt multimedialny.